咸丰六年（1856年），吴棠因父亲去世回乡守孝。恰逢太平天国攻打滁州，他便“在籍办练”（团练）。事后在滁州及附近各县百姓中留下声名。

一、保卫滁州 激战沙河集

咸丰八年（1858年）四月，吴棠会各练勇于张八岭，准备进攻沙河集。当时，“无械无饷之孤军，徒以忠义激励乡团杀贼”。初八日，清河军士张一鹏、文汉升率领的练丁数千，按察使张光弟增派的水勇三百名，在吴棠的率领下，与太平军李秀成部战于滁州北门外。“张一鹏、文汉升、李贯、马芝等奋勇杀敌，双方均伤亡数百人。吴棠见练勇伤亡严重，“屡欲以身殉，吴炳祺率众奋勇争前，拥之骑夺路乃免。”这是场恶战，事过二十四年，光绪八年（1882年），已是扬州知府的吴炳仁（吴棠侄）仍记忆犹新，曾写诗一首：

此地曾经作战场，驱车重过易神伤。

酸心旧部留荒塚，表义丰碑倚夕阳。

——《过黄泥岗》

诗中所说的表义丰碑，是指同治四年（1865年）吴棠在滁州所建的忠义祠。咸丰皇帝光绪《滁州志》收录了吴棠“因洒泪而为之记铭”的《滁州新建忠义祠碑铭》，该铭记述了沙河集之战的惨烈，“既悲相从患难之无人，又感吾乡风俗好义，能杀贼以卫乡里，凛凛乎有生气焉”。光绪《滁州志》还收录了同治三年（1864年）十月十四日吴棠给朝廷的奏折，要求给死难者表旌抚恤。“十月二十六日准，兵部火票递回原片”，“议政王军机大臣奉旨：文汉升等均著交部，照千总阵亡例，从优议恤。钦此。”

二、解救滁州 驱逐李兆寿

李兆寿又叫李昭寿，原是太平天国的一个将领（一说是捻军的将领）。咸丰八年（1858年）五月初一，他带领二千人由金陵渡江进驻滁州城。不久，他在清流关投降了清军将领胜保。胜保奏请朝廷，赏给他花翎三品衔，所部改编为豫胜营，赐名李世忠。李世忠抓乡民增挖两道护城沟，昼夜催逼，非打即骂，又“纵兵四掠乡民粮食，村舍全烧，严冬之际，无食无居，民皆冻饿以死，盱、定、滁、来四界之内，白骨遍地，蒿莱成林，绝无人烟者四载有余。”（光绪《滁州志》）琅琊寺、醉翁亭、州衙都被烧毁。吴棠“慨念故乡久为灰烬，凋敝已极”。遂“密陈皖北隐患、淮北盐务疲敝悉由李世忠盘剥把持，其勇队在怀寿一方盘踞六年，焚掠甚于盗贼，苗（苗沛霖）平而淮北粗安，李存而淮南仍困，请早为之计。”（《清史稿》吴棠传）朝廷采纳了吴棠的意见，诏会僧格林沁等筹办，设法革除。迫使李世忠于同治三年（1864年）四月，将所部豫胜营遣散，退出滁州。

三、安定滁州 关心民生疾苦

吴棠派侄子吴炳麒带兵驰往滁州驻防。为防止李世忠部在退出滁州时骚扰市民，叔侄俩周密策划，封闭东、西、北三面城门，只允许该军从南门撤出。至时，城内秩序井然，避免了象其他地区乱军退出时的纷乱。吴棠并严令士兵：“虽一草一木勿扰吾乡，能卫乡里即所以报国家也。” （汪雨相《嘉山县志》）从此，滁州结束了战乱，各界人士纷纷回归，恢复了战乱前的安定。

当年十二月，吴棠会同曾国藩合词具奏，向清廷呈交了《豁免皖南钱漕折》，请求豁免凤阳、滁州、全椒、来安、盱眙、天长、定远、五河等三十余州县自咸丰十年（1860年）以来历年积欠的钱粮杂税，奏请获准，给战乱后的滁州人民休生养息提供了物质条件。

吴棠又捐银四百七十两，在滁购置房屋数十间，作为教育所用。后薛时雨重建醉翁亭、重修丰乐亭，吴棠也是倡议、捐助者之一。薛时雨在《重建醉翁亭记碑》中曾提及此事。